Πρόσφυγας στην Αρήνη έφτασε από τη Θεσσαλία ο Νηλέας, διωγμένος από τον αδελφό του Πελία.
Ο Αφαρέας του παραχώρησε την περιοχή όπου έκτισε την Πύλο.
Ο Νηλέας παντρεύτηκε την Χλωρίδα κι απέκτησε δώδεκα γιους και μια κόρη, την Πηρώ που έμελλε να παντρευτεί τον αδελφό του Μελάμποδα. Ανάμεσα στους γιους ήταν κι ο Νέστωρ με τον Περικλύμενο, ένα παλικάρι αντρειωμένο και με την ικανότητα να αλλάζει μορφή, όποτε ήθελε.
Κάποια στιγμή, στην Πύλο έφτασε ο Ηρακλής, αναζητώντας κάποιον να τον εξαγνίσει από ένα φόνο που έκανε σε στιγμή τρέλας. Ο Νηλέας όμως ήταν φίλος με τον πατέρα του νεκρού κι αρνήθηκε να κάνει τις τελετές του καθαρμού. Μαζί του συμφώνησαν κι έντεκα από τους δώδεκα γιους: Μόνο ο Νέστωρ επέμενε να κάνουν το χατίρι του ημίθεου αλλά δεν εισακούστηκε. Δεν χρειάζονταν περισσότερα για να ανοίξει πόλεμο με τους Πύλιους ο Ηρακλής. Βρήκε τον βασιλιά των Αμυκλών Λακωνίας πρόθυμο να τον εξαγνίσει, μάζεψε στρατό και κίνησε να πάρει την Πύλο.
Ο Περικλύμενος βγήκε μπροστά, επικεφαλής του στρατού των Πυλίων. Έκανε μεγάλη ζημιά στους εισβολείς, σε σημείο που ο Ηρακλής αναρωτιόταν, αν στ’ αλήθεια μπορούσε να πάρει την πόλη. Κάποια στιγμή, ο Περικλύμενος μεταμορφώθηκε σε μέλισσα και πήγε και κάθισε στο άρμα του Ηρακλή περιμένοντας την κατάλληλη στιγμή να τον σκοτώσει. Όμως, η Αθηνά που τον προστάτευε, του φανέρωσε ποιος κρυβόταν πίσω από τη μορφή της μέλισσας κι ο Ηρακλής τον σημάδεψε και τον σκότωσε με ένα βέλος του.
Χωρίς τον Περικλύμενο, οι Πύλιοι υπέκυψαν. Στη σύντομη μάχη, σκοτώθηκαν και άλλοι δέκα από τους γιους του Νηλέα. Γλίτωσε μόνο ο Νέστωρ που έτυχε να λείπει όσο διαρκούσαν οι μάχες. Κατά μια εκδοχή, ο Ηρακλής τον εγκατέστησε βασιλιά στον θρόνο του πατέρα του, επειδή μόνο αυτός είχε πάρει το μέρος του, όταν έφτασε εκεί ζητώντας τον εξαγνισμό. Κατά μια άλλη εκδοχή, ο Νέστωρ ήταν ακόμα παιδί για να αναλάβει τέτοια καθήκοντα.
Όπως και να έχει το πράγμα, η Πύλος υπέφερε και μετά την ήττα από τον Ηρακλή. Όχι από τον ημίθεο αλλά από τους γείτονες. Ο ξολοθρεμός των μαχητών έκανε τους τριγύρω λαούς να μπαίνουν ακώλυτα στην περιοχή και να κλέβουν ζώα. Οι εισβολείς κυρίως προέρχονταν από την Ηλεία. Κι ο βασιλιάς τους, Αυγείας, έφτασε σε σημείο να κατακρατήσει τα άλογα του Νηλέα που είχαν νικήσει στο αγώνισμα της αρματοδρομίας στους Ολυμπιακούς αγώνες. Αυτό ο Νηλέας δεν μπορούσε να το καταπιεί. Μάζεψε όσους Πύλιους είχαν απομείνει και εισέβαλε στην Ηλεία. Ο αιφνιδιασμός πέτυχε και οι Πύλιοι επέστρεψαν στην περιοχή τους μαζί με πάρα πολλά κοπάδια με ζωντανά των Ηλείων.
Ο Νηλέας κράτησε το μερίδιό του και μοίρασε τα υπόλοιπα ανάλογα με τις ζημιές που καθένας από τους άνδρες του είχε υποστεί στις επιδρομές των Ηλείων.
Πλην όμως, οι Ηλείοι φάνηκαν απειλητικοί στα σύνορά τους. Οι Πύλιοι ετοιμάστηκαν να αμυνθούν με τον Νηλέα να κρύβει το άρμα του Νέστορα, μοναδικού γιου που του είχε απομείνει, ώστε να μην πάει στη μάχη κι έτσι να μην κινδυνεύσει. Ο Νέστωρ πήγε πεζός. Στη μάχη, σκότωσε τον γαμπρό του Αυγεία, πήρε το άρμα του και χύθηκε εναντίον των Ηλείων που, μπροστά στην ορμή του, το έβαλαν στα πόδια. Η παράδοση αναφέρει ο Νέστωρ σκότωσε εκατό Ηλείους με τα ίδια του τα χέρια. Και ότι η καταδίωξη σταμάτησε μόνον όταν η θεά Αθηνά παρουσιάστηκε μπροστά στους Πύλιους και τους διέταξε να γυρίσουν πίσω.
Κάποια στιγμή, ο Νηλέας πέθανε στην Εφύρα (Κόρινθο). Τον διαδέχτηκε ο Νέστωρ που κληρονόμησε και το βασίλειο του Αφαρέα, όταν αυτός και οι γιοι του σκοτώθηκαν από τους Διόσκουρους. Ήταν βασιλιάς κραταιού βασιλείου όταν, κοντά 75άρης, ακολούθησε τους άλλους Αχαιούς στον τρωικό πόλεμο, με στρατό από εννέα πόλεις της επικράτειάς του και με ενενήντα πλοία, μόλις δέκα λιγότερα από τα καράβια που διέθετε ο αρχηγός Αγαμέμνονας και τριάντα παραπάνω από όσα είχε ο άμεσα ενδιαφερόμενος Μενέλαος.
Η εκεί δράση του δεν ήταν πολεμική. Στις μάχες, τον στρατό του οδηγούσαν οι γενναίοι γιοι του, Αντίλοχος και Θρασυμήδης. Ο πρώτος αναφέρεται στην Ιλιάδα ότι σκότωσε εννέα Τρώες κι ήταν αυτός που ανέλαβε να ανακοινώσει στον Αχιλλέα τον θάνατο του φίλου του, Πάτροκλου.
Ο Αντίλοχος σκοτώθηκε σε μονομαχία με τον Μέμνονα. Ο ίδιος ο Νέστωρ χρησιμοποιούσε τη σοφία του και τον σεβασμό με τον οποίο οι Αχαιοί τον περιέβαλαν για να νουθετήσει τους αρχηγούς και να δώσει τις πρέπουσες συμβουλές.
Επέστρεψε σώος στην Πύλο, μετά την άλωση της Τροίας, χωρίς ιδιαίτερες περιπέτειες. Εκεί κάποια στιγμή φιλοξένησε τον Τηλέμαχο, τον γιο του Οδυσσέα που τριγύριζε στην περιοχή αναζητώντας τα ίχνη του πατέρα του. Το κομμάτι αυτό της Οδύσσειας αλλά και η ανακάλυψη του ανακτόρου στη θέση Επάνω Εγκλιανός τοποθετούν την ομηρική Πύλο στη Μεσσηνία, 17 χλμ. βόρεια από τη σημερινή.
Η μετανάστευση των Πυλίων:
Πύλη φυσική προς τη Δύση, η Πύλος άνθισε ως κεντρικό λιμάνι για το διαμετακομιστικό εμπόριο της μυκηναϊκής επικράτειας με τους σταθμούς της Κάτω Ιταλίας και της Σικελίας. Το ανάκτορο εκεί πρέπει να κτίστηκε μετά από αυτό της Ιωλκού, αν παρακολουθήσουμε πιστά τη μυθολογία:
Ο Πελίας, λέει, έγινε βασιλιάς της Ιωλκού κι έδιωξε τον αδερφό του, Νηλέα, που μετανάστευσε στη Μεσσηνία, έκτισε την Πύλο, παντρεύτηκε την κόρη του βασιλιά του Ορχομενού κι απόκτησε δώδεκα παιδιά, τα έντεκα από τα οποία σκοτώθηκαν από τον Ηρακλή. Γλίτωσε μόνον ο Νέστωρ, που έτυχε να λείπει, όταν έγινε το κακό.
Απ’ όταν χάθηκαν για τους Αχαιούς τα λιμάνια της Δυτικής Μεσογείου, πρέπει να υπήρξε πρόβλημα μεγάλο για την περιοχή. Φυσικό ήταν να στραφούν και οι Πύλιοι προς τα ανατολικά. Στα βαθιά του γεράματα, ο Νέστωρ δέχτηκε να ακολουθήσει τους άλλους στην εκστρατεία εναντίον της Τροίας.
Η Τροία έπεσε αλλ’ η ευρύτερη περιοχή των Ασούβα, στην οποία βρισκόταν, ποτέ δεν κατακτήθηκε από τους Αχαιούς. Ο Νέστωρ ευτύχησε να γυρίσει στην πατρίδα του χωρίς προσωπικές απώλειες. Η επικράτεια συνέχισε να ευημερεί για λίγο καιρό ακόμα, καθώς η διάλυση του κράτους των Χετταίων έφερε ένα άμεσο καλό, πριν από την καταστροφή:
Το σίδερο, του οποίου η εξαγωγή απαγορευόταν από τους Χετταίους βασιλιάδες, άρχισε να διαδίδεται σε μεγάλη έκταση. Στην Πελοπόννησο, από τα χρόνια αμέσως μετά τα Τρωικά, έφτιαχναν με αυτό εργαλεία και σκεύη, χωρίς να περιμένουν να έρθουν οι Δωριείς να τους διδάξουν.
Η απώλεια των μεσογειακών αγορών είχε επιπτώσεις και στην Πύλο. Η γη αδυνατούσε να θρέψει όλο τον πληθυσμό. Η παράδοση αναφέρει ότι ένας γιος του Νηλέα, ο Μέλανθος, πήρε τους μισούς τουλάχιστο Νηλείδες κι έφυγε για την Αττική. Ο Παυσανίας γράφει ότι ο Μέλανθος ήταν μακρινός απόγονος του Περικλύμενου, αδερφού του Νέστορα και γιου του Νηλέα. Κι ο Παυσανίας μοιάζει πιο σωστός, καθώς η παράδοση θέλει αιτία της μετανάστευσης την εκδίωξη των Νηλειδών από τους Ηρακλείδες, κάτι που έγινε αργότερα:
Όταν η φάλαγγα των Ηρακλειδών έφτασε στη Μεσσηνία, κατεβαίνοντας από την Αρκαδία, με αρχηγό τον Κρεσφόντη.
Οι Αχαιοί, κατά την παράδοση, αποσύρθηκαν ειρηνικά και οι νεοφερμένοι κατέλαβαν το κέντρο της πεδιάδας στην οποία κυλά ο Πάμισος.
Όπως και να ’χει το ζήτημα, ο Μέλανθος πήρε όλο του το σόι κι έφυγε στην Αττική, όπου πρόθυμα τους φιλοξένησαν.
Πάντα σύμφωνα με τη μυθολογία, σε κάποια μάχη Αθηναίων και Βοιωτών, ο Μέλανθος σκότωσε τον βασιλιά των αντιπάλων, Ξάνθο, και γλίτωσε την Αττική. Οι κάτοικοί της καταργήσανε τον Θυμοίνη, τελευταίο απόγονο του Θησέα, και πρόσφεραν τον θρόνο στον σωτήρα τους. Τον διαδέχτηκε ο γιος του Κόδρος, τελευταίος βασιλιάς των Αθηναίων, που θυσιάστηκε για να σώσει τη χώρα από τους Δωριείς.
Από τους γιους του Κόδρου, ο ένας έμεινε στην Αθήνα κι έγινε γενάρχης της μισής αθηναϊκής αριστοκρατίας, καθώς ακόμα κι ο σοφός Σόλων υπερηφανευόταν ότι κατάγεται από τον Κόδρο.
Ο άλλος πήρε τους Πύλιους και κάμποσους Θηβαίους και μετανάστευσε στην Ιωνία.
Στη Λυδία, κοντά στο σημερινό Ντεΐρ Μεντερέ, υπήρχε στα ιστορικά χρόνια η πόλη Κολοφών. Εκεί γεννήθηκε, το 632 π.Χ., ο μεγάλος ποιητής Μίμνερμος, δημιουργός της ερωτικής ελεγείας. Ένα από τα ελάχιστα αποσπάσματα ποιημάτων του, που σώθηκαν, λέει:
«...αιπείαν τε Πύλον Νηλήιον άστυ λιπόντες
ιμερτήν Ασίην νηυσίν αφικόμεθα
ες δ’ ερατήν Κολοφώνα βίην υπέροπλον έχοντες
εζόμεθ’ αργαλέης ύβριος ηγεμόνες°...».
Με δυο λόγια, οι στίχοι σημαίνουν ότι έφυγαν από την Πύλο κι ήρθαν στη Μ. Ασία. Αυτή είναι και η παλαιότερη γραπτή μαρτυρία για τη μετανάστευση, αν και ο Μαρινάτος διερωτάται, αν πρόκειται γι’ αυτήν του ΙΒ’ αι. π.Χ. ή για κάποια κατοπινή.
